nanacoを使って国民年金の支払いを行ってきました。
nanacoポイントはつかないので、現金と変わらないじゃないかと思われるかもしれないですが、nanacoへのチャージをクレジットカードから行えば、そのときにクレジットカードのポイントが付く（※ポイントがつくカードは限られています。このことは最後に記載します）分現金よりお得になるのです。
nanacoにクレジットチャージするとややこしいのが、「センターお預かり分」という概念です。nanacoには、
・カード本体：50,000円
・センターお預かり分：50,000円
の合計100,000円分をチャージすることができます。クレジットチャージをすると、まず、センターお預かり分の扱いになります。これをカード本体に移行するためには、「残高確認」という処理を行う必要があります。これは、セブンイレブンにあるセブン銀行の端末や、セブンイレブンのレジでお願いすることなどで行うことができます。
自宅でnanacoのサイトにログインしてもできないので、すこし手間がかかるんですよね。
私は今回、約98,000円の支払いをセブンイレブンで行ってきました。
事前に、
クレジットチャージ
↓
一度セブン銀行の端末で残高確認
↓
クレジットチャージ
という準備をして、カード本体とセンターお預かり分両方が50,000円になるようにしました。（実際にはクレジットチャージは1,000円単位である関係上端数分チャージ金額が少なくなりますが、便宜上端数がなかったように書いています）
50,000円以下の支払いであれば、レジでnanacoで支払うことを伝えるだけなので問題ないのですが、50,000円を超える金額の場合、カード本体の金額の上限を超えてしまいますから、支払いの途中で「残高確認」をしてセンターお預かり分のお金をカード本体に移す必要があります。
ここがやっかいなところで、レジで「残高確認」と伝えても店員さんが慣れていないとスムーズに処理していただけない場合があるようなのです。
一応、事前準備として、レジの右のほうに「残高確認」というボタンがあるらしいという情報はネットで仕入れていたので、万が一レジの方に理解していただけなかった場合には、「残高確認」というボタンが右のほうにありませんか？というのは聞いてみるつもりでした。
実際にレジでの対応はこんな感じになりました。（細かい言いまわしは正確ではないかもしれません）
─────────────────
私：（振込用紙を見せて）これ、nanacoで支払いできますか？
店員さん：はい。大丈夫ですよ。ポイントは付きませんがよろしいですか？
私：はい。大丈夫です。（50,000円を超えることについては突っ込まれなかったな）
店員さん：では処理させていただきます。（カードリーダーを示して）こちらお願いします。
私：はい。（カードをかざすとリーダーが赤く光る）
店員さん：残高が50,000円のようなのですが・・
私：一度ここから引いていただいて、残高確認をお願いできますか？
店員さん：なるほど。承知しました。（カードリーダーを示して）それではお願いします。
私：（カードをかざす。この時点で、nanaco本体の残高が0円になる）
店員さん：（おそらく残高確認のボタンを押して）お願いします。
私：（カードをかざす。この時点で、センターお預かり分が0円になり、nanaco本体の残高が50,000円になる）
店員さん：お願いします。
私：（カードをかざす。nanaco本体の残高が2,000円になる）
─────────────────
こんな感じです。今回の店員さんは「残高確認」については理解されている方だったのでスムーズにいきましたが、それでもこれだけの手数が必要になってきます。
50,000円以下の支払いならカードをかざす回数は1度ですが、50,000円を超えると、3回かざさないといけなくなるんですね。さらに、「残高確認」が理解されなかった場合にはもっと手間取ることになってしまいます。
なので、この方法を使う場合には、くれぐれも他のお客さんに迷惑のかからないタイミングで行う必要があると思います。
セブンイレブンではないのですが、ファミレスの支払いでnanacoを使ったときにnanaco本体の残額が足りなくて、「残高確認をお願いします」といったところ、「残額はこちらになります」のように返されて困ったことがあります。「（残額がこの通り足りないことが分かっているので、センターお預かり分のお金をnanaco本体に移動するために）残高確認（の処理）をお願いします」という意味で言ったのですが、さすがにファミレスのレジで「残高確認」をお願いする人は少ないのでしょう。結局そのときは、店長さんに出てきていただいて少し申し訳ない感じになりました。
極力、レジでは残高確認をお願いしなくてよいように普段から本体にお金を移しておくべきだなと思います。
最後に、冒頭の※で書いた、クレジットチャージについてです。nanacoカードは1枚だけクレジットチャージに使うクレジットカードを登録することができるのですが、クレジットカードによって、そのチャージがポイント付与の対象となるものとならないものがあります。
例えば、楽天カードなら還元率1.0%でポイントが付きます（2017年8月18日現在）。
楽天カード
2017/9/23追記────────
楽天カードの利用獲得ポイントに関して変更が発表されました。nanacoのクレジットチャージでポイントがつかなくなります。
【対象外となるご利用】
・nanacoクレジットチャージ
・モバイルSuica(※2)
・モバイルSuica年会費
・モバイルSuica(Apple)(※3)
・スマートICOCA(※4)※1 2017年10月31日(火)以前のご利用分でも2017年11月5日(日)時点で楽天カードに売上情報が届いてないものはポイント進呈対象外になります。
※2 モバイルSuicaご利用分には、電子マネーへのチャージのほか、モバイルSuicaで購入されるモバイルSuica特急券・定期券・Suicaグリーン券なども含まれます。
※3 モバイルSuica(Apple)ご利用分には、モバイルSuicaからApple Payでチャージする電子マネーのほか、モバイルSuica(Apple)で購入されるモバイルSuica特急券・定期券・Suicaグリーン券なども含まれます。
※4 電子マネーへのチャージのほかICOCA発行再発行等も含まれます。